Kako virus voća Tomato Brown Rugose Fruit zaražava biljke paradajza i papra širom svijeta, kompanije za proizvodnju sjemena rade na uzgoju otpornog paradajza.
Bogati genetski i genomski resursi bili su na raspolaganju uzgajivačima paradajza i prije početka projekata genomskog sekvenciranja rajčice. Velike zbirke germplazme paradajza odavno su uspostavljene na nekoliko lokacija. Više od 75,000 paradajza sačuvano je u genskim bankama širom svijeta. Jedna od najvećih je banka gena USDA u Ženevi, NY.
Sekvenciranje genoma rajčice započelo je 2005. godine kao multinacionalni napor između 14 zemalja, a završeno 2012. Ovi napori su uvelike ubrzani primjenom umjetne inteligencije, mašinskog učenja i naprednih algoritama za analizu velikih količina genetskih i fenotipskih podataka.
Pangenom paradajza
Istraživači sa Instituta Boyce Thompson 2020. godine stvorili su visokokvalitetni referentni genom za divlje rajčice kako bi proizveli potpuniji i korisniji pan-genom rajčice. Otkrili su dijelove genoma koji su u osnovi okusa, veličine i zrenja ploda, tolerancije na stres i otpornosti na bolesti. Djelomično zahvaljujući najnovijim tehnologijama sekvenciranja koje mogu čitati vrlo dugačke dijelove DNK, referentni genom je potpuniji i precizniji od postojeće baze podataka.
Starije tehnologije sekvenciranja koje čitaju kraće dijelove DNK identificiraju mutacije na razini jedne baze. Međutim, nisu dobri u pronalaženju strukturnih varijanti poput umetanja, brisanja, inverzije ili duplikacije velikih dijelova DNK.
Godine 2019. međunarodna grupa istraživača konstruirala je pan-genom rajčice koristeći sekvence genoma iz 725 filogenetski i geografski reprezentativnih sorti. Ova baza podataka uključuje 4,873 gena koji nisu pronađeni u originalnom referentnom genomu. Analize prisutnih/odsutnih varijacija otkrile su značajan gubitak gena i intenzivnu negativnu selekciju gena i promotora tokom pripitomljavanja i poboljšanja rajčice.
Pročitajte cijeli članak na www.seedworld.com.